Le Japon possède une production agricole importante et l'une des premières flotte de pêche mondiale. Il est cependant loin de l'autonomie alimentaire.

La plupart des exploitations agricoles japonaises sont issues de la tradition agricole (la rizière familiale) et dépassent rarement un hectare. Ce morcellement ne permet pas d'atteindre la rentabilité malgré des rendements élevés. En effet l'agriculture est extrêmement mécanisée (1 machine agricole pour 2,5 hectares) et il est possible jusqu'au sud de Tokyo de faire deux récoltes de riz par an.

L'exception à ce schéma est l'île de Hokkaidô où la colonisation récente et les larges plaines permettent l'agriculture sèche et l'élevage laitier sur de grandes surfaces. Les fermes y sont plus modernes et conçues pour l'agriculture à grande échelle.

Afin de maintenir les petites exploitations, le gouvernement soutient un système de coopératives extrêmement puissant, subventionne les productions et soutient les prix du marché en taxant les importations. Malgré tout, de nombreux agriculteurs doivent trouver un complément de revenus en ville, et finissent par s'y installer. Le Ministère de l'Agriculture, des Forêts et de la Pêche planifie les cultures et régule les prix à la distribution. Le Ministère du Commerce International et de l'Industrie attribue les quotas d'importation.

Ceci a deux effets. D'une part on assiste à une désertification des campagnes (6 millions d'agriculteurs en 1960, 4 millions en 1990), et d'autre part on assiste à une diminution du nombre d'exploitations. Un tiers seulement des terres agricoles trouvent un acquéreur pour y poursuivre cette activité à la retraite des exploitants (un tiers est converti en surface d'habitation ou industrielle, un tiers abandonné). Il n'y a donc pas vraiment de concentration des terres pour former de plus grandes exploitations plus rentables.

La surface agricole totale est faible : 5,3 millions d'hectares, contre 33 millions pour la France. En 1993, l'agriculture représentait 2,3% du PIB, 1,3% aujourd'hui. Le Japon se classe tout de même au rang mondial dans certaines productions agricoles (chiffres de l'année 2002): oeufs (2nd), fraises (3ème) , mandarines (3ème), carottes (5ème), choux (5ème), thé (7ème) et riz (10ème). Le thé et le riz sont pourtant les plus grosses productions du Japon. Cultivé partout jusqu'au nord de Honshû, la production de riz a dépassé la capacité du marché et a dû faire l'objet de quotas depuis les années 1960.

Concernant la pêche, si le Japon se classe au second rang mondial derrière la Chine, il est un acteur très important de ce secteur car il absorbe à lui seul un tiers des exportations de poissons et produits de la mer. La pêche hauturière tend à être secondée de plus en plus par la pêche côtière, un temps délaissée, et l'aquaculture qui est la plus développée au monde. Les côtes du Japon sont en effet riches grâce au courant d'eau froide oyashio (courant père) et au courant tiède kuroshio (courant noir).

Le Japon est aujourd'hui le premier importateur mondial de produits agricoles et alimentaires avec environ 40 milliards d'euros. Le Japon couvre ses besoins alimentaires en aliments à plus de 50% par des importations : légumes frais et congelés, oléagineux, viandes, céréales, boissons transformées.