Le climat varié, le relief et ses vallées inaccessibles, le civisme des japonais : autant de raisons à la variété des espèces et à leur préservation jusqu'à aujourd'hui.

Trois zones se distinguent pour la faune. Au sud, l'archipel d'Okinawa possède plusieurs espèce indigènes, dont les chats sauvages d'Iriomote-jima près de Taïwan (Iriomote yamaneko, moins de 100 individus encore en liberté) et une espèce animale dangereuse pour l'homme : le serpent Habu.

Mais ce sont surtout les fonds marins qui accueillent de nombreux plongeurs dans cette zone tropicale et font la renommée internationale de l'archipel.

Au centre, incluant les îles de Kyûshû, Shikoku et les deux-tiers sud de l'île de Honshû, on rencontre une faune très variée : des cerfs, des sangliers, des loups (exterminés et réintroduits), des renards, des visons, des lièvres noirs, des antilopes et des tanuki (souvent comparé à un raton laveur).

De nombreux oiseaux habitent ou passent aussi par ces régions : aigle couronné, colombe, faucon, geai, rossignol, hibou et ibis huppé (symbole du Japon, mais aujourd'hui presque éteint).

Enfin on compte des insectes très présents avec les vers luisants (Hôtaru), les lucanes (Kabotomochi) qui peuvent atteindre des tailles impressionnantes (pour le grand plaisir des petits garçons), les cigales (Semi ou Higurashi) et les grillons qui annoncent la fin de l'été, les libellules (Tombo) et enfin les moustiques (Ka).

Certaines de ces espèces vivent aussi plus au nord, dans la partie nord de l'île de Honshû et dans l'île d'Hokkaidô. Il faut y ajouter une population importante d'ours bruns, des martres noires et des sconses.

Pour la flore plusieurs zones sont distinguées, à nouveau selon un axe nord-sud. Les forêts japonaises  comptent jusqu'à 168 essences différentes contre 85 en Europe. Cette richesse se retrouve à tous les étages de la végétation (herbes, fougères, arbustes).

Tout au nord on trouve dans les forêts des feuillus tels que: kamba, miyama-nanakamado, todomatsu et des conifères comme le shirabe. en descendant un peu on y ajoute des arbres à feuilles caduques comme les buna et d'autres variétés de conifères comme les hiba, kuromatsu et hinoki. C'est aussi le début de l'apparition des momiji (érables japonais) qui s'étendent loin jusqu'au sud de Honshû.

Enfin, tout au sud, on retrouve des arbres à feuilles persistantes comme les kusunoki (cannelle) et les tachibana (citronnier) et des arbres tropicaux : birô, camphrier, cocotier et sotetsu (cycas, palmier).