Malgré son insularité, le Japon possède des ressources naturelles qui lui ont permis d'être autonome pendant près de deux siècles.

Les ressources naturelles du Japon sont faibles, mais pas inexistantes. Le pays a été capable de vivre en quasi-autonomie de ce point de vue pendant près de deux siècles et de se développer rapidement au Xxème siècle.
Ainsi on trouve  à Kosaka (dans le Tôhoku, nord-est de Honshû) des mines de plomb qui couvrent encore le besoin aujourd'hui.

Il y a également, près de Kamioka, dans la montagneuse préfecture de Gifu (centre de Honshû) d'importantes mines d'argent, d'or, de tungstène et de zinc.
Le Japon compte aussi quelques mines de cuivre largement exploitées au 15ème siècle qui ne couvre plus les besoins actuels. Une grande partie des matières premières est donc importée. Ceci vaut pour les phosphates, le nickel, et la bauxite (aluminium).

On peut noter tout de même les productions de :

• nickel (11ème mondial) à partir exclusivement de minerai d'importation (entre autres de Nouvelle Calédonie),
• étain (11ème mondial),
• argent (19ème mondial),
• zinc (23ème mondial).

Enfin le Japon possède d'importantes ressources en eau. Sans être réellement monnayable, cette ressource garantit la pérennité de nombreuses activités humaines.

Du point de vue énergie, le Japon possède d'importants gisements de charbon qui ne sont plus exploités à ce jour. Le territoire est aussi favorable à l'exploitation des énergies hydro-électriques (fort débit des cours d'eau), solaires (très bon ensoleillement dans le sud du pays), et géothermiques (grâce à l'omniprésence des zones volcaniques).

Aujourd'hui environ 45% de l'électricité produite est d'origine nucléaire (malgré les difficultés de maintenir des centrales en zone sismique). Cependant le Japon ne possède aucune mine d'uranium et doit donc importer son combustible. Le reste de la production vient principalement des centrales thermiques alimentées en pétrole. C'est aussi un poste d'importation important car le Japon possède très peu de pétrole. Or les îles Kouriles contestées à la Russie en regorgent (officiellement le japon et la Russie sont toujours en guerre, aucun traité de paix n'a été signé à la fin de la seconde guerre mondiale).