Connu aussi bien pour le festival de la neige de Hokkaido que pour les plages ensoleillée de Okinawa, le Japon montre l'étendue de son climat.

Il n'est pas possible de parler du climat japonais dans sont ensemble, car l'étendue nord-sud de l'archipel conduit à des contrastes trop importants. Le climat est aussi modulé par deux courants marins, le kuroshio qui lèche la côte sud du Japon et l'oyashio plus au large et au nord (courant polaire venant du détroit d'Okhotsk).

L'île de Hokkaidô, au nord, subit un hiver rude et long, qui a longtemps retardé la colonisation de cette île. Les vents froids de Sibérie et le courant froid de l'oyashio y contribuent grandement. Les étés y sont plutôt doux et courts. Ce climat se trouve encore un peu au nord de Honshû.

Le sud de Honshû, Kyûshû et Shikoku sont soumises à un climat presque subtropical avec des été chauds et humides, et des hivers en contraste froids et plutôt secs. Il ne neige un peu que sur les reliefs.

L'été chaud et humide, insoutenable dans des vallées sans vent comme à Kyôto, est encadré d' une saison des pluies en juin nommée tsuyu ou baiû (梅雨, pluie de prune), et d'une seconde, moins soutenue, à partir de mi-août, où les lourds après-midi dégénèrent en pluies parfois orageuses, et ce jusqu'à fin septembre. Ces deux saisons pluvieuses sont ponctuées du passage des typhons venant du Pacifique. Ceci est d'autant plus marqué que l'on se trouve au sud de ces trois îles car le Japon est sur le passage du flux de mousson sud-est.

La côte ouest est plus arrosée que la côte est, car l'anticyclone sibérien pousse l'humidité de la mer du Japon vers le Japon lui-même en hiver (vers la dépression des îles Aléoutiennes). La côte est subit par contre les typhons et leurs vents violents de plein fouet en été.

Okinawa possède un climat à part. Ces îles ont un climat subtropical beaucoup plus constant en température dans l'année, mais qui subit pleinement les deux saisons des pluies.