Le Japon, malgré son aspect insulaire, est couvert de nombreux cours d'eau et possède même un des plus grands lac d'eau douce du monde.

Les rivières sont courtes, en forte pente, et très larges. En effet l'absence de glacier, malgré de nombreuses montagnes,  et des précipitations importantes, les oblige à drainer de grandes quantités d'eau rapidement. 

Par ordre de longueur, les principales rivières japonaises sont :

• La Shinano (367km). C'est la plus longue rivière du Japon. Elle est formée au confluent de la Chikuma (qui prend sa source au mont Kobushi) et de la Sai, près de Nagano (centre de Honshû). Elle s'écoule vers la plaine de Niigata au nord ouest de Honshû puis dans la mer du Japon. Un canal a été mis en place pour protéger cette ville des inondations.
• La Tone (322km) coule depuis les montagnes au nord de Gunma-ken (Ôminakami-san). Elle rejetait à l'origine dans la baie de Tôkyô, mais sont lit changeait après chaque crue. Après l'ère Edo son cours fut donc modifié artificiellement pour rejeter à Choshi dans le Pacifique (nord de Chiba-ken).

• L'Ishikari (268km) prend sa source au mont du même nom et est la plus longue rivière d'Hokkaidô, traversant les villes d'Asahikawa et de Sapporo. Rejetant à l'origine dans le Pacifique, les volcans des monts Shikotsu ont détournés la rivière vers la mer du Japon. Son débit est comparable au Rhône et peut atteindre annuellement les 4500 m3/s.
• Enfin on peut citer la Teshio (258km, Hokkaidô) et la Kitakami (249km) qui a son embouchure dans la baie de Matsushima, près de Sendai. De nombreuses autres rivières atteignent ou dépassent légèrement les 200km.

La capitale Tokyo est traversée par la Sumida, branche réaménagée de la rivière Arakawa. Il est difficile de voir aujourd'hui le cours originel de la rivière, au milieu des îlots artificiels, et dans des nombreuses voies fluviales. Le fleuve reste en effet une voie de communication utilisée et appréciée.

C'est aussi le cas dans d'autres grandes villes comme Osaka ou Hiroshima (広島) où les cours d'eau ont été aménagés dès la création de ces villes pour limiter les risques d'un côté et offrir des voies de transport très pratiques.

Il existe aussi de nombreux lacs d'origine volcanique (dans des caldeira, régions de Morioka et d'Akita) ou tectonique, dont le plus grand, le lac Biwa (670km², 63,49km de long, et 22,8km de large) qui alimente Kyôto et Osaka en eau potable (environ 15 millions de personnes). Ce lac est aussi utilisé comme voie de transport et lieu de pêche.

Le niveau du lac Biwa (situé à 85 mètres d'altitude) varie annuellement de 3 mètres par la fonte des neiges et est bordé de quelques plages. La profondeur maximale du lac est de 104 mètres (le fond du lac est donc en-dessous du niveau de la mer). On compte plus de 450 petits cours qui alimentent le lac en eau, et la sortie du lac se nomme la rivière Seta.